تنوع ژنتیکی کلروپلاستی و جریانات ژنی در گونه‎های گلابی با استفاده از نشانگر CAPS

نویسندگان

گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران

چکیده

مناطق غیرکد‎کننده برای ارزیابی گروه‎بندی‎های فیلوژن در جنس Pyrus بسیار قابل استفاده است زیرا این مناطق کمتر عملکردی بوده و بنابراین تنوع آن‎ها تحت تأثیر انتخاب خنثی ‎است. در این پژوهش، روش توالی‎های چندشکل تکثیر شدۀ شکسته شده (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence: CAPS) برای تجزیۀ سه ناحیۀ بسیار متغیر در نواحی بین‎ژنی DNA کلروپلاست در 73 رقم بومی و ژنوتیپ وحشی گلابی ایرانی و اروپایی (Pyrus communis)، نه رقم ژاپنی P. pyrifolia, syn. P. serotina و یک ژنوتیپ چینی
P. × bretscheideri مورد بررسی قرار گرفت. مطالعۀ ژنوم کلروپلاست 83 رقم و ژنوتیپ‎ با استفاده از سه جفت آغازگر کلروپلاستی و سه آنزیم برشی Tru1I، BsuRI و RsaI، پانزده هاپلوتیپ را شناسایی کرد. هاپلوتیپ H1 بالاترین فراوانی را در بین ارقام اروپایی نشان داد و هاپلوتیپ‎های H10، H7 و H4 منحصراً در ارقام و ژنوتیپ‎های ایرانی مشاهده شد. در کل، نشانگر CAPS ارقام و ژنوتیپ‎های وحشی مورد بررسی در این مطالعه را به پنج گروه جداگانه تقسیم کرد و ارقام ژاپنی در این دندروگرام با ژنوتیپ‎های ایرانی هم‎گروه بودند. این نتایج فرضیۀ ردپای ژنتیکی روی ژرم‎پلاسم گلابی ایرانی را توسط دورگ‎گیری گلابی‎های کشت شدۀ آسیای شرقی و اروپایی و جریان‎های ژنی از گونه‎های وحشی به اهلی، تأیید کرد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Chloroplastic Genetic Diversity and Gene Flow in Pear Species Revealed by the CAPS Marker

نویسندگان [English]

  • A. Nikzad Gharehaghaj
  • H. Abdollahi
  • K. Arzani
  • A. Shojaeiyan
  • P. De Franceschi
  • L. Dondini
چکیده [English]

The non-coding chloroplast regions are likely provide the greatest number of characters for molecular phylogenetic studies, because they are less functional and highly conserved and so their variation is affected by neutral selection. In order to investigate phylogenetic relationship in 73 Iranian and European pear (Pyrus communis L.) local cultivars and wild genotypes, plus 9 Japanese pear genotypes (Pyrus pyrifolia, syn. P. serotina) and one Chinese pear (P. × bretschneideri), we recognized three hyper variable regions in intergenic spacers of cpDNA by CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequence) method. Using three chloroplast primer pairs and three restriction enzymes (Tru1I, BsuRI and Rsa1) 15 haplotypes were detected. The most-abundant and widely distributed haplotype in European cultivars was H1 and three haplotypes (H10, H7 and H4) were exclusive haplotypes of Iranian population. The CAPS markers were divided Iranian and European pear cultivars into five groups, whereas Japanese pear cultivars were grouped together with Iranian pear genotypes. This evidence supports the hypothesis of a significant genetic contribution in the Iranian wild genotypes from Japanese and European pear.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Pyrus sp. chloroplast DNA
  • CAPS
  • pear population