شناسایی آلل‌های خود ناسازگاری در ارقام بادام ایرانی به روش توالی‌یابی

نویسندگان

مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی چهارمحال و بختیاری، شهرکرد

چکیده

شناسایی آلل‌های خودناسازگاری در ارقام بادام (Prunus dulcis) اهمیت زیادی در احداث باغ‌های جدید و انتخاب والدین در برنامه‌های به‌نژادی بادام دارد. به منظور شناسایی آلل‌های جدید ناسازگاری در چند رقم بادام ایرانی، قطعات مربوط به هر آلل تکثیر و محصول PCR آن‌ها خالص‌سازی شد. برای همسانه‌سازی از ناقل PCR-Blunt-II-TOPO استفاده شد. ناقل به باکتری‌های مستعد Escherichia coli TOP 10 منتقل و کلونی‌های تراریزش شده شناسایی شدند.DNA پلاسمیدی استخراج و توالی‌یابی با استفاده از آغازگرهای M13 توسط دستگاه SECUGEN انجام شد. نهایتاً توالی حاصل از این پلاسمیدها مقایسه و توالی ثابت مربوط به هر آلل با نرم‌افزار SEQMAN II تعییین شد. براساس نتایج این تحقیق، تعداد هشت آلل در ارقام بادام ایرانی شامل ارقام تجاری (S36)، هلویی (S37)، سفید (S38)، یزد-17 (S39 و S40)، مشهد 40 (S41)، جی-آر-16 (S42) و مامایی (S43) شناسایی شدند. هفت آلل از مجموع هشت آلل شناسایی شده، قبلا گزارش نشده است، ولی یکی از آلل‌ها (S40) شباهت زیادی با آلل ناسازگاری (S5) گزارش شده در گونه P. webbii داشت. شباهت بین آلل‌های خودناسازگاری در بادام اهلی با گونه وحشی P. webbii به وجود یک جد مشترک با گونه‌های جنس پرونوس و نقش این گونه در تکامل بادام‌های اهلی به عنوان یکی از اجداد اولیه اشاره دارد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification of Self-Incompatibility Alleles in Iranian Almond Cultivars Using Sequencing

نویسندگان [English]

  • S. A. Mousavi
  • M. R. Fatahi Moghaddam
  • Z. Zamani
  • M. Tatari
  • A. Imani
  • E. Ortega Pastor
چکیده [English]

Identification of self-incompatibility alleles in almond (Prunus dulcis) is a very useful tool for orchard design and for choosing parents in breeding programmes. In order to identify the new S-RNases in some Iranian almond cultivars, each allele fragment was amplified and PCR products were purified. The vector PCR-Blunt-II-TOPO was used for cloning. Constructs were transformed into chemically competent Escherichia coli TOP 10 cells and positive transformants were identified. Plasmids were isolated from positive colonies and sequenced by SECUGEN using M13 primers and then a consensus sequence was obtained for each allele with SeqManII software. The results identified eight alleles in the Iranian almond cultivars including Tejari (S36), Holouei (S37), Sefid (S38), Yazd-17 (S39 and S40), Mashhad 40 (S41), G-R-16 (S42) and Mamaei (S43). Seven of these alleles have not previously been reported in Prunus species, while one of alleles (S40) was similar to that (S5) identified before in an accession of the wild species Prunus webbii. The similarity between self-incompatibility alleles in cultivated almond wild species of Prunus webbii points out the existence of a common ancestor with other Prunus species and also a possible introgression with P. webbii as a primary ancestors in almond evolution.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Almond
  • cultivar
  • self-incompatibility allele
  • Cloning
  • Sequencing